O ensino superior militar organiza-se num sistema binário, no qual o ensino universitário se orienta para formações científicas sólidas, juntando esforços e competências de unidades de ensino e investigação, e o ensino politécnico incide especialmente em formações vocacionais e em formações técnicas avançadas, orientadas profissionalmente.
O ensino superior militar visa a preparação de quadros altamente qualificados no âmbito das ciências militares, com competências e capacidade para comandar, dirigir e chefiar em situações de risco e incerteza próprias das missões das Forças Armadas e da Guarda Nacional Republicana (GNR), em resposta às exigências da segurança e da defesa nacional.
Desta forma, a formação assenta em:
- Formação científica de base, de índole técnica e tecnológica, destinada a proporcionar as qualificações profissionais indispensáveis ao exercício de funções no âmbito de cada uma das especialidades das Forças Armadas e da GNR.
- Formação comportamental consubstanciada numa sólida educação militar, moral e cívica, tendo em vista desenvolver nos alunos qualidades de comando, direção ou chefia e estado -maior inerentes à condição militar.
- Formação e treino militar e uma adequada preparação física, visando conferir aos alunos a aptidão física e psíquica imprescindível ao exercício das suas funções.
No ensino superior militar são conferidos os graus académicos de licenciado, mestre e doutor.
Por razões que se prendem com o acesso ao exercício da atividade ou especialidade militar, em resultado de uma prática estável e consolidada nas Forças Armadas portuguesas e em alguns países da NATO e por necessidades específicas de formação e da carreira militar, o grau de mestre pode igualmente ser conferido após um ciclo de estudos integrado, com 300 a 360 créditos e uma duração normal compreendida entre 10 e 12 semestres curriculares de trabalho dos alunos, constituindo a habilitação mínima exigida para o início do exercício da profissão militar na categoria de oficiais oriundos do ensino superior público universitário militar.